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解淀粉芽孢杆菌的作用机理主要包括分泌抗菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长等。
1、分泌抗菌物质：产生低分子量抗生素以及抗菌蛋白或多肽等活性物质，抑制植物病原菌，并且可作为根围细菌促进植物生长，通过非核糖体途径合成分子量小热稳定性好、含有D-氨 基酸、耐受蛋白酶水解以及有机溶剂作用的脂肽类抗生素，在生物防治应用中对植物病原细菌、真菌、病毒、线虫的抑制起到主要作用。
2、拮抗作用：微生物通过同化作用产生抗菌物质抑制有害病原物的生长或发展或直接杀灭病原物，与病原菌直接作用，除了产生抗菌素等次级代谢产物外，还会产生一系列对病原菌抑制起到重要作用的胞外水解酶。
3、营养和空间的竞争：可以迅速地抢占果蔬伤口的营养空间生长存活并大量繁殖。并尽可能快地消耗掉伤口营养，使得病原菌得不到合适的营养与空间条件而不能繁殖从而抑制病害的发生。
4、诱导寄主产生抗性：植物组织在遭受机械损伤或者病原菌浸染时，体内会自发产生一系列生理生化反应来抵抗这些因素对自身的伤害，解淀粉芽孢杆菌可以诱导植物这种自然防御机能。
5、促进植物生长：解淀粉芽孢杆菌可以产生赤霉素、细胞分裂素等多种生理活性物质和氨基酸类物质。促进植物根系及植株生长，增强植物抗病性，从而间接地减少病害发生。
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